Il faut attendre en moyenne deux à trois ans avant que la liane puisse produire ses premières fleurs.
Celles-ci de couleur jaune-vert ont la propriété d'être éphémères
Elles apparaissent par balais (grappe de 10 à 12 bourgeons) pointant à la naissance des feuilles.
On peut compter jusqu'à 3 ou 4 balais par liane.
La floraison s'étale sur 3 mois environ pour une période comprise entre juillet et septembre et ceci une fois par an.
Pour obtenir une gousse de vanille, la main de l'homme est obligée d'intervenir. La fécondation peut être décomposée en trois temps :
> Le labelle de la fleur est abaissé et déchiré à l'aide d'un stylet ou bâtonnet pour dégager la colonne et le gynostème.
> Le rostellum est relevé à l'aide du stylet et placé sous l'étamine.
> Une pression du doigt est exercée pour amener la masse pollinique au contact du stigmate.
Sur chaque balai, les fleurs s'ouvrent les unes après les autres et il est assez rare detrouver 2 ou 3 fleurs épanouies sur un même balai. Après fécondation de la fleur , la base de celle-ci s'allonge et se dirige vers le bas : c'est la formation de la gousse de vanille
Il faudra attendre 2 mois pour que la fleur séchée tombe. La gousse a alors atteint sa taille définitive. Mais ce n'est qu'au bout du neuvième mois, que la gousse atteint sa pleine maturité.